这让赵昀对谢、吴二人并相有所担心，故而以御笔告诫谢、吴二人及其他宰执，不要出现朋党交争的情况。

仅上任两个月的吴潜推辞整顿楮币的任务，奏请让谢方叔总管此事，徐清叟、董槐协助，他自己只管跑腿做事，不负其责。

谢、吴二人的矛盾因言官弹劾而明朗化。

李伯玉弹劾萧、谢没有成功，反倒使自己和吴潜被罢免。

吴潜被罢免后，居在宣城响山，种竹筑堂，吟咏自适，与词人刘震孙相唱和。

宝佑四年春，吴潜以观文殿大学士授沿海制置大使、知庆元府。

吴潜在庆元三年，勤政爱民，兴修水利。

订立《义船法》，广征民间船舶充作战船。

修洪水湾塘三坝，外泄江潮，内增官池蓄水，为阻隔江河之巨防，成为它山堰的重要配套工程。

另修吴公塘、大西坝、北郭碶、澄浪堰等工程，惠泽万民。

同时吴潜采取措施，使财政大幅增加。

蒙古军进攻鄂州，京师震动，丁大全罢相。

危难之际，赵昀起用吴潜为左丞相兼枢密使，进封庆国公。

吴潜忧心如焚，主张加强战备。

其时蒙古军兵分三路进犯京城临安，朝中惊慌失措。

右丞相贾似道向赵昀奏本，主张迁都四明。

在此紧急关头，吴潜极力谏阻。

赵昀权衡利弊，总算听从了吴潜的谏言。

赵昀以蒙古军大举入侵为由，下令在朝文武官各陈所见，以决处置之宜。

根据当前的紧张局势，吴潜命贾似道移军黄州。

黄州正当军事要冲，经常与蒙古军正面接触，本来是为了加强防务。

贾似道却认为吴潜在排挤他，怨恨吴潜，伺机报复。

此时在立太子的问题上，吴潜又得罪了赵昀，赵昀欲立忠王赵禥为太子。
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